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燃料电池的基本工作原理可能并不难说明。但是，制造廉价，高效，可靠的燃料电池是一件非常复杂的事情。
为了提高效率，科学家设计了许多不同类型和尺寸的燃料电池，每种燃料电池的技术细节各不相同。燃料电池开发人员面临的许多选择都受到电解质选择的限制。例如，电极的设计以及用于制造电极的材料取决于电解质。今天，主要的电解质类型是碱，熔融碳酸盐，磷酸，质子交换膜（PEM）和固体氧化物。前三个是液体电解质；最后两个是固体。
燃料的类型还取决于电解质。一些电池需要纯氢气，因此需要额外的设备，例如“重整炉”来净化燃料。其他电池可以忍受一些杂质，但可能需要更高的温度才能有效运行。液体电解质在某些电池中循环，这需要泵。电解质的类型还决定着电池的工作温度，正如名称所暗示的那样，“熔融的”碳酸盐电池会发热。
每种燃料电池与其他燃料电池相比都有优点和缺点，而且还没有一种便宜而有效的燃料足以广泛替代传统的发电方式，例如燃煤，水力发电甚至是核电站。
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