北京时间10月30日，2020年足协杯第二轮抽签仪式进行。经过抽签恒大将对阵昆山，上港的对手是亚泰，鲁能遇到老对手绿城，和国安分在一个半区。第二阶段的比赛11月26日开始，12月19日决出最终的冠军。除了半决赛是两回合对决外，其余比赛都是一场定胜负。
2020年足协杯只邀请中超和中甲球队参加，在第一阶段中超联赛进行期间，足协杯第一轮赛事进行，经过8场角逐，山东鲁能、广州恒大、北京国安、上海上港、江苏苏宁、广州富力、武汉卓尔、天津泰达晋级第二轮，卫冕冠军上海申花出局。按照规则，中甲进入冲超组的6支球队自动进入第二轮，另外两支参赛队是保级组两个赛区的第一名，还未决出。
参加第二轮抽签的有16支球队，山东鲁能和广州恒大是一档种子队，国安和上港是二档种子队。这意味着鲁能和恒大不会分在一个赛区，各自镇守一个半区。由于恒大、国安和上港还需要参加亚冠联赛，亚冠和足协杯的赛程冲突，三队如何安排阵容这是一个看点。
国足主帅李铁和前国脚黎兵担任抽签嘉宾，1/8决赛上半区的比赛安排在苏州进行，下半区的比赛安排在常州。之后的比赛都安排在苏州进行。广州恒大先被抽出，落在1号签位，鲁能落在8号签位。上港在4号签位，国安在5号签位。如果四队都进入半决赛，鲁能和国安将相遇。苏宁和泰达进入上半区，武汉和富力在下半区。
中甲的8支球队被抽出，恒大对阵昆山，苏宁对阵梅州客家，泰达对阵保级组梅州赛区的第一名，上港对阵亚泰。国安的对手是成都兴城，泰州远大对阵武汉卓尔，常州赛区的第一名对阵富力，鲁能的对手是浙江绿城，这也是连续两年，山东鲁能与绿城在足协杯相遇。上赛季鲁能依靠吉尔最后时刻的出色发挥，2比1逆转绝杀绿城晋级，本赛季两队将在第二轮相遇。需要指出的是，间歇期鲁能将姚均晟租借给绿城，绿城现在还在冲超组，姚均晟前两场两次送出助攻。下一轮绿城对阵亚泰的比赛成为关键战。
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