手术治疗是治疗感染性肾结石的重要措施，应劝病人尽早手术，但手术治疗是有其适应症的，它包括：
1、反复发作肾绞痛，估计不能排出或不能溶解的肾结石；小结石短期内未排出或直径0.8cm以下者，肾功能良好和无明显感染者，可采用中西医结合内科治疗，但对于肾结石直径超过1cm者，非手术治疗则较难排出。
2、合并严重梗阻，严重感染危及肾实质；尿路感染与梗阻互为因果，结石在梗阻和感染的情况下增大迅速，几周内便可形成一鹿角形大结石。上述情况均应尽早手术取出结石，纠正梗阻，控制感染，有手术指征而延缓手术，术后结石复发率高，甚至失去肾功能。手术适应症还包括急性梗阻性无尿或少尿、无功能的脓肾、结石引起的癌变等情况。
近10年来，由于手术术式改良，操作熟练，对大的肾结石和双侧鹿角形结石，更应该尽早手术，保存和改善肾功能。目前，绝大多数复杂性肾结石手术，均能够通过广泛剥离肾窦切开取石，手术损伤小。纵使个别需要做肾切开取石，术时阻断肾蒂血管，采用静脉注射肌苷(阻断肾蒂前10分钟、4～7分钟内静脉滴注肌苷2g，加入5%葡萄糖液40mL)或低温，可保护肾功能。加上改良了的无萎缩性肾切开取石术式的开展，效果良好。当然，个别双侧复杂性肾石，全身情况差，估计术后难以改善肾功能和维持生命，便不能贸然施行手术。
近年来，有人提倡体外肾切开取石术，我们认为：本术式的病例极罕见，在一个有感染的肾脏切开取石作肾自体移植术，血管吻合处容易发生感染，造成术后血管意外，肾脏功能丧失，故采用本术式应慎重。
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