一、合伙人是自然人在合伙企业取得工资薪金不属于工资薪金所得。
合伙企业的合伙人是自然人，在公司任职，能按工资薪金扣缴个人所得税吗？
北京税务答：根据《中华人民共和国个人所得税法》、《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）和《个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35号）的规定，合伙企业合伙人从合伙企业取得的所得，应比照“经营所得”计算缴纳个人所得税，不属于工资薪金所得。
二、影响
1.影响经营所得计算缴纳个人所得税
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第十五条规定，取得经营所得的个人，没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。
提醒大家注意，是“没有综合所得的”，哪怕您有1分钱综合所得，合伙人是自然人计算经营所得，不能扣减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。
【例】某合伙企业给合伙人每个月做工资3000元，按照工资薪金所得预扣预缴个税，也不缴个税，则不做任何处理的话，其计算经营所得，不能扣减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。
2.影响综合所得计算缴纳个人所得税
很显然不属于工资薪金所得，按照工资薪金所得申报个人所得税，必然会影响到综合所得的应纳税所得额，肯定会影响到其综合所得的应纳税额。
三、解决
1.合伙人是自然人在合伙企业取得工资薪金，如果按照工资薪金所得预扣预缴个人所得税，则通过电子税务局或者大厅进行改进申报。
2.2020年3月31日前，合伙人是自然人的经营所得申报，将“合伙人是自然人在合伙企业取得工资薪金”按照经营所得申报。
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