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高新技术企业认定口径的研发费用，其主要目的是为了判断企业研发投入强度、科技实力是否达到高新技术企业标准；研发费用加计扣除政策口径的研发费用，其主要目的是为了细化哪些研发费用可以享受加计扣除政策，引导企业加大核心研发投入，口径范围小于高新技术企业认定口径。
主要差异有：
（1）高新技术企业人员人工费用归集对象是科技人员，研发费用加计扣除人工费用归集对象是直接从事研发活动人员；
（2）房屋租赁费、折旧费不计入研发费用加计扣除；
（3）研发费用加计扣除政策口径下，与研发活动直接相关的其他费用还包含职工福利费、补充养老保险费、补充医疗保险费。
（4）与研发活动直接相关的其他费用总额不得超过可加计扣除研发费用总额的10%；高新技术企业认定口径下，与研发活动直接相关的其他费用总额一般不得超过研究开发总费用的20%，另有规定的除
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