撰文 | 奇点糕 （奇点网）
中国科学家在寻找新冠肺炎的发源地上，取得了突破性进展。
来自中国科学院西双版纳热带植物园的郁文彬副研究员，联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员，在中国科学院科技论文预发布平台ChinaXiv上发表重要研究论文[1]。
通过遗传学分析方法，郁文彬等发现，华南海鲜市场的新冠病毒应该是从其他地方输入的。换句话说，华南海鲜市场不是新冠病毒的发源地。不过，华南海鲜市场应该是新冠肺炎的引爆点。
他们还认为，新冠病毒可能在11月中下旬就在武汉广泛传播了。还有个好消息是，与SARS病毒和MERS病毒相比，新冠病毒的变异较低。
▲ 论文首页
那么中科院的科学家是如何破解谜团，得到上述结论的呢？
我们都知道，自从新冠肺炎在武汉爆发之后，科学家和医生纷纷猜测，华南海鲜市场就是新冠肺炎的源头。在2020年元旦，华南海鲜市场被关闭。
不过，武汉金银潭医院的黄朝林教授及其同事，1月24日在顶级学术期刊《柳叶刀》上披露的首批41名新型冠状病毒感染者的相关信息[2]，挑战了上述假设。
在这41名首批确诊患者中，有13名患者不曾去过武汉华南海鲜市场。
更重要的是，最早发病的那名患者，在2019年12月1号就发病了，他没有去过武汉华南海鲜市场。而且，在12月10日第二批发病的3名患者中，也有2人没有去过武汉华南海鲜市场。
这意味着，最早感染武汉新型冠状病毒的患者，可能是在其他某个不为人知的地方被感染的[3]。
▲ 新冠病毒图（图源：NIAID-RML）
然而，华南海鲜市场已然关闭，目前的患者临床表现也表明，有很多新冠病毒感染者没有任何症状，因此，想从流行病学的角度分析新冠肺炎的发源地，几乎是不可能完成的事情。
随着新冠病毒的基因组数据越来越多，从遗传进化的角度溯源就变得可能了。
遗传学家可以通过新冠病毒的基因组信息，摸清不同新冠病毒之间的进化或亲缘关系。搞清楚谁是爸爸，谁是爷爷，谁是孙子，然后就可以给新冠病毒绘制个家谱了。
有了新冠病毒的家谱，我们就可以找到新冠病毒的祖先，然后循着这条证据线，就有望找到新冠病毒的发源地。
▲ 新冠病毒图（图源：NIAID-RML）
郁文彬等首先收集了世界各地科学家共享到GISAID EpiFluTM数据库中的93个新型冠状病毒样本的基因组数据。
初步分析发现，这93个新冠病毒中有140个位点的变异，其中120个位于基因编码序列中。基于此，他们将这些新冠病毒分成58种单倍型（可以简单的理解为是58个不同的新冠病毒）。
结合其他数据之后，他们发现与SARS病毒和MERS病毒相比，新冠病毒的变异较低。换句话说就是：当前新冠病毒还比较稳定。这可能是因为，新冠病毒相对比较温和，免疫系统没有给它们施加太大的压力。
▲ 变异位点分析
接下来就是最重要的分析过程：分析这58个单倍型之间的进化关系，也就是绘制它们的家谱。
我这里就直接放图了，下面的图就是这58个新冠病毒的家谱。
▲ 新冠病毒不同单倍型的进化关系图谱
上面那种图乍一看很复杂。我们先看右边的那个树杈一样的东西。
你可以明显看到它是由三部分组成，最上面的A组呈浅绿色，是一只脚的形状；中间淡紫色的B组是长方形；下面的C组没有背景色，一圈小圆圈围着一个大圆圈；D组和E组分别从C组的左右伸出一角。
也就是说，这58个新冠病毒的单倍型（编号为H1-H58）被分成了A、B、C、D、E五个组。他们的关系是，A组最古老，可以说是新冠病毒的祖先了，越往后辈分越低。这是个大概的情况。
然后，我请大家注意A组中的H13，B组中的H38（粉红色）和H3（四色圆饼），还有C组中的H1（最大的那个多色圆饼）。你甚至可以忽略掉上述几个单倍型周围所有的小圆圈，把它们四个单独拎出来看。
▲ 为了便于大家结合文字看图，我再放一次这张关键的图
这样的话，你就很容易发现两条简化路线：H13→H3→H1，以及H38→H3→H1。我们可以简单地认为这两条线就是祖孙三代之间的关系。H13和H38最古老，H3居中，H1最年轻。研究人员也认为，通过系统发育网络，基本可以认为H13和H38是新冠病毒的祖先单倍型。
不过研究人员也不排除还存在其他古老的单倍型，因为最早的感染者和12月初那部分感染者的数据，不包括在本研究之内。
▲ 新冠病毒两条可能的进化路径图
接下来我要告诉你的是，来自武汉华南海鲜市场的新冠病毒都是H1及其后代（H1周围那一圈），没有H13和H38；甚至整个武汉的样本中只出现了一个H3，而且与华南海鲜市场没有关系。
那么更古老的、爷爷辈儿的H13和H38是从哪里的患者体内分离的呢？
H13出现在了5个深圳患者体内，他们也是广东首批确诊感染者。而H38则来自美国首例确诊患者。他们的旅行记录表明，他们在2019年12月底至2020年1月初疫情爆发期间都到过武汉，但没有华南海鲜市场暴露史。
这说明，深圳那5名H13感染者和美国的H38感染者身上的病毒，有可能是通过武汉的医院或者其他不明渠道感染的。
▲ 新冠病毒不同单倍型的地理分布图
基于以上数据，郁文彬等认为，其他科学家的猜测应该没错，华南海鲜市场的新冠病毒是从其他地方输入的。
不过，研究人员还是非常期待能有早期感染者的样本可供分析，说不定可以从这些患者体内找到H13和H38的踪迹，这对于寻找新冠病毒的发源地非常重要。
希望武汉哪家医院里还保存着某个不为人知的早期患者的样本。
参考资料：
[1].http://eprint.las.ac.cn/abs/202002.00033
[2].https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext
[3].https://www.sciencemag.org/news/2020/01/wuhan-seafood-market-may-not-be-source-novel-virus-spreading-globally
作者：奇点糕
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