阴离子聚丙烯酰胺本身无毒，因为它在进入生活生产用水，工业和城市污水处理，多年成功业绩。多数商品也不刺激皮肤，只有某些水解体可能有残余碱，当反复、长期接触时会有刺激性。美国食品及药物管理局认为，PAM及其水解体是低毒或无毒的。PAM的毒性来自残留的丙烯酰胺单体和生产过程夹带的有毒金属。丙烯酰胺为神经性致毒剂，对神经系统有损伤作用，中毒后表性出肌体无力，运动失调等症状。因此各国卫生部门均有规定聚丙烯酰胺工业产品中残留的丙烯酰胺含量，一般为0.5%---0.05%。应用于水的一般净化处理时，丙烯酰胺含量0.2%以下，用于直接饮用水处理时，需在0.05%以下。国际健康卫生组织1985年出生的聚丙烯酰胺标准指出：PAM中残留AM量控制在0.05%以下并控制用量时，处理后水中的含量将低于0.25ug/L，符合大多数国家的饮用水标准。目前欧美主要国家一般规定，饮用水处理及食品用PAM中残留AM含量在0.05%以下，并控制PAM用量。
某些阴离子型聚丙烯酰胺的情况复杂得多，这是因为阴离子型聚丙烯酰胺引入的氨基类等基团，其毒性往往数十至数百倍地高于阴离子型和非离子型，他们的慢性毒性正进一步研究中。
对应用于饮用水处理的絮凝聚，应使用食品级的产品为合适。在《给水排水标准规范实施手册》水处理标准中，明确规定阴离子聚丙烯酰胺使用的非经常使用下>0.1mg/L，在经常使用下<0.1mg/L。在水处理工艺助凝应用中，其使用量可取上述标准值为大投加量，选购食品级质优、低残值的聚丙烯酰胺产品，则可保证饮用水的卫生安全。如某水厂使用阴离子聚丙烯酰胺助凝，大投加量为0.09mg/L，使用的是化工部某聚丙烯酰胺工程中心的食品级、滤池出水和出厂自来水均无发现有丙烯酰胺单体。故认为仅要能控制好使用产品的质量和投加量，则采用阴离子聚丙烯酰胺助凝工艺，对饮用水卫生而言是安全的。
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