内蒙古河川径流总量约291亿立方米(黄河过境水除外)。河流流域面和在1000平方千米以上的有100多条。内蒙古的河流分为外流河和内陆河。外流河系有黄河、永定河、滦河、西辽河、嫩江、额尔古纳河，流域面积约占总面积的3/5,主要分布在大兴安岭、阴山至贺兰山带弧形山地的东南外侧带。
内流区河系有乌拉盖尔河、昌都河、塔布河、艾不盖河、黄旗海河系、岱海河系等，多数是无尾或径流消失在封闭的盆地或洼地中储流成湖沼。内蒙古的大小湖泊有千余个，总面积达7000平方千米以上，其中最著名的有呼伦湖、贝尔湖、达里诺尔、乌梁素海、岱海、黄旗海、库勒查干诺尔和居延海等。
呼伦湖是中国第五大淡水湖，也是内蒙古第一大湖，位于内蒙古呼伦贝尔草原西部的新巴尔虎左旗、新巴尔虎右旗和满洲里市之间，呈不规则的斜长方形，长轴为西南至东北方向。
湖长93千米，最大宽度为41千米，平均宽度为32千米，周长为447千米。 当湖水水位在545 33米时，湖水面积为2339平方千米，平均水深5.7米，最深处8米左右，蓄水量为138.5亿立方米。呼伦湖湖盆是由于地壳运动形成断层，地壳相对上升或陷落而形成的构造湖。西岸为起伏的山峦和峻峭的悬崖陡壁，相对高度5米~20米;北岸为砾石阶地，与扎赉诺尔矿区相连;东岸和南岸地势平坦开阔，连接着千里绿野，只有少量的低山和沙丘。湖底为泥底，比较平坦。呼伦湖水的补给除大气降水和地下水外，主要来自发源于蒙古人民共和国东部的克鲁伦河，以及连接贝尔湖和呼伦湖的乌尔逊河。
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