小产权房的问题由来已久，房地产税的呼声也不是一天两天，那么这两个棘手的难题碰到一起，该怎么办呢？
按照去年年底国家税务总局、社科院、专家、媒体等的建议（吹风）来看，房地产税未来极有可能会按照存量房和增量房区别对待，“在推进房地产相关税收制度立法与改革过程中，统筹研究房地产交易环节与保有环节的税收政策——国家税务总局”，也就是说暂时不对存量房征收房地产税，对增量房或者交易房征收房地产税。
房地产税涉及利益太多，也是这么多年来一直无法落地的最大原因。以上的征收意见，可以最大程度的减少矛盾，加速推进房地产税立法、实施。
著名经济学家樊纲也对房地产税区分“增量房和存量房”提出了自己的观点：房地产税最大的阻力说到底就是既得利益如何平衡，建议先从新项目开始，对原有的房产给予比较大的缓冲空间，先放10~20年，慢慢来！
尽管小产权房不受法律保护，但是也属于存量房的一种，根据深圳2018年底的相关文件来看，小产权房转正遥遥无期，如果征收房地产税，岂不是承认了小产权房的身份？个人认为这种可能性非常小！
小产权房最大的法律问题就是“集体土地转国有土地”，去年北京、辽宁、上海、江苏、浙江、安徽、福建、河南、湖北、广东等地通过《利用集体建设用地建设租赁住房试点方案》，是否在为“小产权房转租赁住宅”铺路不得而知，但这应该是目前最合适的解决小产权房的方式，既不会引发小产权房拥有者的抱怨，还推进了“租购并举”，也不会损害集体土地的收益。在推动小产房合法化的同时，也解决了小产权房违法交易的现象。
不过上述问题都是在设想中，一切都需要等房地产税落地后，怎么征收、何时征收、免税额确定以后才能谈到小产权房的税收问题。
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