上海轨道交通崇明线的崇明区段是相对比较确定的，大约就是长江隧道、长兴镇、陈家镇一线，而上海轨道交通崇明线在市区里面其实还有一段，而且这一段还不短。
按照上海市新闻给出的消息，上海轨道交通崇明线的市区段可能走申江路，并且与9号线与12号线进行换乘。
从图中可以看出，在浦东新区的地方，沿着申江路向北、然后从巨峰路向东的线路，显然就是上海轨道交通崇明线的市区段。
因此，上海轨道交通崇明线的市区段的走向，大约是下面的情况。
对于上海轨道交通崇明线来说一个比较好的事情，就是它在市区里面有两个换乘站，分别是9号线金吉路站、12号线申江路站，这两个站点也都是地下站点。
金吉路站作为上海轨道交通崇明线与9号线的换乘站，这也有着特殊的意义。按照上海轨道交通市域线的原则，上海轨道交通崇明线与9号线将连成一条线，也就是上海轨道交通的R2线。
上海轨道交通崇明线可以视为9号线的一个分支，也是其另外一个东段，因此金吉路站就是二者的连接点。
申江路站正是上海轨道交通崇明线和12号线的换乘站，这也是一个地下站。
上海12号线的申江路站正是建在申江路的东侧，其所有的出口也都在申江路的西侧。从这个角度来说，上海轨道交通崇明线可以毫无负担的沿着申江路下面盾构。
上海轨道交通崇明线的申江路站非常有可能设置在申江路的主干路上面，与12号线的既有站点进行换乘也是比较容易的。
根据上海市新闻给出的地图，权威性还是比较高的，因此上海轨道交通崇明线的走向也是能基本确定与，与9号线和12号线有两个换乘站这种形式还算比较理想的。
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